支払手数料という勘定科目は、税務調査の対象となる科目の１つです。漠然とした勘定科目であることと、個人事業者などの手数料や繰延資産が含まれることがあるからです。

　銀行の振込手数料くらいが入っているのであれば何も問題はないのですが、例えば弁護士への手数料として支払ったとき、支払手数料を使います。そのとき、弁護士が個人事業者なら源泉所得税を引かなければなりません。また、経営コンサルタントを頼んだときも個人なら同じく源泉所得税を差し引きます。この源泉所得税が漏れる可能性があるのが多いです。

　また、事務所を借りるときなど保証料の支払いや礼金の支払いなどを家賃と区別して支払手数料とする場合があります。このとき、保証料や礼金はセットで２０万円以上なら資産計上になります。支払手数料で処理すると一時の経費になりますが、礼金などは賃貸するための期間に対応するため繰り延べる必要が出てきます。

　使いやすい勘定科目なので不明確な内容の取引もいれやすいことから、税務調査では確認される項目となっています。